Актуально для версии 5.4.3 и ниже
1. Настроить корневую папку сайта
Заходим в Настройки -> Домены. Ставим Управление доменами - "Ручное управление". Пишем домен локального сайта в поле "Имя домена" и в поле "Папка домена" указываем путь до нужной папки.
Примечание. В ручном управлении нужно будет каждый сайт прописать руками. В автоматическом же режиме в качестве домена использовался каталог в папке domains.