Сделать стартовую директорию для терминала в PHPStorm
Как здесь:

Решение
File -> Settings -> Tools -> Terminal -> Start Directory
Убрать директории из индексации системы контроля версий
Путь: File -> Settings -> Directories
.
Глобальный поиск по проекту
Горячие клавиши - Ctrl + Shift + N